S. pneumoniae được Louis Pasteur phân lập đầu tiên ở Pháp vào năm 1880 từ mủ áp-xe. Năm 1883, Talamon (người Pháp) phát hiện phế cầu khuẩn trong đờm, trong máu và trong khối viêm phổi của bệnh nhân và mô tả nó. Vai trò của phế cầu gây viêm màng não cấp đã được Netter phát hiện vào năm 1909 khi quan sát thấy hội chứng nhiễm trùng thần kinh trung ương ở một số người bệnh có triệu chứng viêm phổi nặng.